天津蓟州国家湿地公园以保护水质、水岸和栖息地为核心任务，完善湿地资源保护基础设施建设，对各种影响因素采取积极防范措施，保护生物多样性，保护环境质量，实现湿地公园资源环境和区域经济社会的可持续发展。

据水质报告资料显示，州河国家湿地公园内水质化验的几个断面各项指标水质一般，但州河两岸存在生活垃圾农田杂物堆放、水禽养殖、私自放牧等现象。 针对水质采取的保护措施主要有隔离围栏、农业面源污染控制、农村点源污染控制、严控土地利用方式、固体废弃物处理、设置水文监测点、建立健全管理机制并加强监督等方式。

水岸带由土壤、植物和水体组成，通过对河岸带的保护，增强对污染物的阻截能力，同时强化植物、土壤及微生物的吸收和降解作用。 根据实地调查，河流水岸形式主要以天然土质及植被护岸为主，在部分河段存在土质疏松、植被稀疏的情况；在县城区段及河道拐弯处由于城市建设及防洪要求，护岸形式为人工绿化带或坡度硬质驳岸。

尊重生物群落自然演替规律，保护野生动植物及其栖息地，避免过度人为干扰，维持现状湿地良好的生态条件，预防湿地退化，加强湿地监测和管理，杜绝破坏湿地资源的行为。 栖息地和生物多样性保护分为：鸟类、鱼类与两栖类栖息地恢复与保护工程；野生动植物生境恢复；水生生态修复；水生生态修复。

水是湿地存在的根本驱动因子和重要的表现形式，是湿地动植物生存的物质基础和栖息生境形成的关键因子。因此，充足的水源和良好的水质是湿地公园建设发展的基础条件。州河国家湿地公园水资源主要来源于于桥水库补给、自然降水、各支流汇水和地下水补充。其中主要为于桥水库、五大支流以及自然降水。