保育区包括州河 50 年一遇防洪水位线内全部水域以及河道两岸部分林地、草地及内陆滩涂等。面积 380.68hm2，占公园总面积的 74.91%。

恢复重建区包括州河 50 年一遇防洪水位线与常水位线之间的部分区域，包括河流两侧的滩涂、林地、草地及小部分私垦农田等类型。

宣教展示区以点、线、面的形式分布在湿地公园内，主要集中在规划范围北端的山下屯桥河岸带绿地。

合理利用区主要集中在规划范围北端的州河公园内和六里屯州河湾公园。合理利用区分为州河公园和州河湾公园两个部分。

设立 1 个保护管理局和 1 个游客服务中心。保护管理局可设置在蓟县水务局内，游客服务中心设置在现有的州河公园管理处内。